A APPA foi constituída em 01 de setembro de 1.999, em reunião realizada na cidade de Ribeirão Preto – SP. Com a participação de produtores das 5 regiões produtoras do estado deu-se formato como ainda é hoje. A sede é na cidade de Paranapanema – SP, tendo regionais no oeste, norte e sudoeste do Estado de São Paulo. Seu primeiro presidente foi o Sr. Nelson Maeda sendo sucedido pelo Sr. Ronaldo Spirlandelli de Oliveira e atualmente representado pelo Sr. Peter Derks.

   A APPA é uma entidade sem fins lucrativos, cuja finalidade entre outras é de congregar os produtores de algodão do Estado de São Paulo, a fim de promover o incentivo da produção de algodão, disciplinar e difundir a atividade no Estado, orientar os associados em todas as fases de produção e comercialização, divulgação de informativos técnicos e jurídicos de interesse da classe, defender os interesses dos associados junto a todos e quaisquer órgãos públicos ou privados.

   A Associação é filiada à Abrapa – Associação Brasileira dos Produtores de Algodão, a qual executa e congrega ações nacionais, propondo e defendendo as políticas junto ao Governo Federal, órgãos de pesquisa, buscando novas tecnologias, mais qualidade com menor custo na produção, e apontar os melhores caminhos na hora da comercialização.